Penjaminan mutu (quality assurance) bagi suatu perguruan tinggi merupakan suatu keharusan. Hal ini seperti telah diamanatkan pada dalam Peraturan Pemerintah No. 19 tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan, yang menyatakan bahwa setiap satuan pendidikan pada jalur formal dan non formal wajib melakukan penjaminan mutu pendidikan.
Buku Pedoman Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SPM-PT) menjelaskan bahwa system penjaminan mutu perguruan tinggi dilakukan atas dasar penjaminan mutu internal, dan penjaminan mutu eksternal. Penjaminan mutu internal adalah penjaminan mutu yang dilakukan oleh institusi perguruan tinggi yang besangkutan dengan berpedoman dan berlandaskan pada peraturan perundang-undangan yang telah ditetapkan oleh pemerintah, sedangkan penjaminan mutu eksternal adalah penjaminan mutu yang dilaksanakan oleh badan atau lembaga eksternal yang dibentuk dan atau disetujui oleh pemerintah sebagai penyelenggara evaluasi penjaminan mutu bagi perguruan tinggi.
Sistem penjaminan mutu AKMI Baturaja dilakukan secara gabungan, artinya melekatkan tugas penjaminan mutu pada setiap jabatan struktural yang ada pada AKMI Baturaja serta mengkombinasikan dengan membentuk unit khusus yaitu BPM (Badan Penjamin Mutu) AKMI Baturaja yang dibentuk pada awal Januari 2012.
Diharapkan dengan sistem penjaminan mutu yang baik institusi dapat mempertahankan dan meningkatkan kualitas serta dapat bertindak lebih baik dimasa mendatang.